Theo tổng đạo diễn Lê Hải Yến, "Dòng sông kể chuyện mùa 2 - Chuyến tàu huyền thoại" tiếp tục nối tiếp hơi hướng của mùa 1, kể những câu chuyện diễn ra trên sông Sài Gòn qua các chương: Hạ thủy - Cập bến - Ra khơi - Dậy sóng - Vươn xa.vòng loại cúp châu phi